Synagoga ta pochodzi z XVI wieku, a dokładnie z 1553 roku i jest najmniejszą synagogą w Krakowie. Została zbudowana przez rodzinę polskiego rabina Mosesa Isserlesa i niemal całkowicie zniszczona podczas okupacji hitlerowskiej. Zaledwie kilkanaście nagrobków przetrwało II wojnę światową w niezmienionyn stanie, a wśród nich był grób rabina Mosesa Isserlesa.

W okresie okupacji hitlerowskiej, w latach 1939-1945, synagoga służyła jako magazyn worków na zwłoki i sprzętu przeciwpożarowego, niestety doznała poważnych zniszczeń, a następnie w 1957 roku została wyremontowana przez żydowską gminę wyznaniową.

Dziś cmentarz i synagoga są miejscem pielgrzymek pobożnych Żydów z całego świata.